Claude Code 的配置系统分三个层级，背后有很实际的原因：团队需要共享标准，个人需要自己的偏好，特定代码区域有时需要专属规则。
三个层级
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用户级（
~/.claude/CLAUDE.md）— 个人偏好。你的编码风格、工具使用习惯、工作流癖好。在你的 home 目录里，不提交到版本控制，只影响你自己。 -
项目级（项目根目录的 CLAUDE.md）— 团队标准。编码规范、命名规则、架构模式。提交到版本控制，通过 git 和每个团队成员共享。
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目录级（子目录中的 CLAUDE.md）— 特定代码区域的本地规则。
api/目录可能有和frontend/目录不同的约定。只在 Claude 处理该子目录中的文件时加载。
三个层级同时加载并组合。它们不是用严格优先级互相覆盖——而是叠加在一起。项目级的团队标准加上用户级的个人偏好，同时生效。
CLAUDE.md 之外
配置系统不只有 CLAUDE.md：
.claude/rules/*.md— 模块化规则文件，可选的 YAML frontmatter 里含 glob 模式。规则根据 Claude 正在处理的文件有条件地加载。.claude/commands/*.md— 自定义斜杠命令。团队共享的工作流，定义为 markdown 文件。.claude/skills/*/SKILL.md— 带 frontmatter 配置的 skills，包括上下文隔离（context: fork）和工具限制。
这些全都支持用户级（~/.claude/）和项目级（项目根目录 .claude/）两种放置位置。两个层级的功能集是等价的——用户级不是只能放基础的 CLAUDE.md。
MCP server 配置
MCP server 有自己专用的配置文件：项目根目录的 .mcp.json，用于团队共享的 server 配置。这和 CLAUDE.md 是分开的——指令放在 CLAUDE.md 里，server 配置放在 .mcp.json 里。把 .mcp.json 提交到版本控制，这样所有人都有相同的 MCP server。密钥用 ${ENV_VAR} 展开语法。
团队配置套路
标准的组织方式：团队编码标准放在项目级 CLAUDE.md（所有人通过 git 获取）。个人偏好放在用户级 ~/.claude/CLAUDE.md（只有你能看到）。团队标准更新时，所有人下次 pull 就能拿到。不用手动复制，不会漂移，不用注释掉什么。
一句话总结： 用户级放个人偏好，项目级放团队共享标准，目录级放本地规则——三层同时加载并组合，MCP 配置单独放在 .mcp.json。