MCP server 可以在两个层级配置。项目级（.mcp.json）通过版本控制和团队共享。用户级（~/.claude.json）是个人的、本地的。根据谁需要这个 server 来选择合适的范围。
项目级：.mcp.json
放在项目根目录。提交到版本控制。每个克隆仓库的团队成员自动获得 MCP server 配置。
用于：团队共享的集成（GitHub、Jira、Slack、项目数据库、CI 工具）。项目里每个人都需要这些 server。
用户级：~/.claude.json
配置在用户的 home 目录。不版本控制。只影响一个开发者。
用于：个人工具（个人笔记 MCP、自定义生产力工具）、带个人凭证不该共享的 server。
不在 CLAUDE.md 里
CLAUDE.md 给 Claude 提供指令，不是 MCP server 配置。CLAUDE.md 里写”使用 GitHub MCP server”不会配置 server——只是文本。MCP server 在 .mcp.json（项目级）或 ~/.claude.json（用户级）中配置。
密钥管理
项目级 .mcp.json 提交到 git，所以密钥不能硬编码。使用 ${ENV_VAR} 语法：每个开发者在本地设置自己的 token，配置文件只包含变量引用。
一句话总结： 团队共享 MCP server 放项目根目录的 .mcp.json（提交到 git）；个人 server 放 ~/.claude.json——CLAUDE.md 提供指令，不是 server 配置。